几次申报户部，当时，户部急着催缴各地官员亏空，向皇上报考绩，谁肯拨巨款来做这善事？遂下文叫云南“就地筹款，自行修复”。杨名时粗算一下，至少要二百万银子。
而云贵两省无此财力，幸而云南产盐，便在盐商身上打主意，令云贵两省各要道设卡征银。
偏是新任贵州巡抚朱纲是两江总督李卫一手提拔起来的，写信告知李卫，“杨名时在这里刮地皮征盐税”，李卫回信也说得痛快：“娘希匹，怪不得这边盐涨价。他既贪赃，你只管告他！”
朱纲便扎扎实实写了奏折，告杨名时“妄兴土木、图侵帑项”，迫使守卡小吏无理盘剥过往行客。有理有据说得痛心疾首。
杨名时平素对天正帝改革赋税，官绅纳粮、清理亏空，设养廉银等作法无不反对，只由于他为政清廉，才没有惩处他。
见了这奏章，天正帝那叫一个勃然大怒，当天便下旨，用六百里加紧发往云贵，命朱纲代为总督，并派户部侍郎黄炳星夜前往大理。
黄炳是张廷玉麾下的门生，要为老师报一箭之仇。
二钦差下车伊始，不由分说便将杨名时革职下狱，并不顾大青条律，私自动用火炼、油龙等极惨的刑具，要置杨名时于死地。
杨名时平素实在太清廉了，因为不收一分火耗，身居总督高位，有时穷得不能举炊，他连家眷都没带，只有一个本家侄儿里外照顾。这是云贵两省士绅百姓无人不知的事实。
把家产抄了个底朝天，只寻得几件打了补丁的破内衣和两串青蚨，没法交差的两位钦差便把征来的盐规银算成贪赃。
这么一来就激起了两省民怨沸腾，升堂刑讯那日，三万老百姓聚到总督衙门外，人情汹汹，连衙门里的戈什哈、衙役都一齐倒戈，大呼：“杨公受刑，还有什么天日？我们反了！”还是杨名时披枷带锁出来申斥，命百姓“不得有违王宪”才算解围。
但这一来，朱、黄二人再也不敢动刑了。草草具本完结。天正帝不知出于什么想头，定了杨名时绞刑，却连着三年没有勾决。
他作官时没人敢送东西，坐班房时人们便没了忌讳。
有的替他向狱中上下打点，住了单间牢狱，又“因病”允许带侄儿进去侍候。
不知姓名的人常常送来衣物：“狱卒哥哥留点，下余的给阿爷穿用”；天天都有人提着肉，“请照应阿爷”，丢下便走。
因此，杨名时这个待死之囚比他当总督时还要阔绰。每年秋决时，多少人家求佛烧香，盼着“天正皇爷眯一只眼”漏勾杨名时。
杨名时在狱中还读书治学，时而还招来狱役讲学，闲时打打太极拳，院中游悠散步，养得红光满面。
接到上书房释放杨名时的廷寄文书，朱纲压了几天没有照办，本还想上书裕隆帝“维持先帝原判”，可接着不久又接到上谕“政尚宽大……朕主于宽”，邸报上还赫然载着“已令上书房行文滇省，释放杨名时”；朱纲再不敢迟滞，亲自坐了八人大轿径往狱中宣旨。
一进狱门便见典狱带着一群狱役从一间小瓦房中出来，个个喝得脸红耳赤。
朱纲衣冠楚楚地站在前门铁栅后，板着脸斥道：“不逢年不逢节，吃的什么酒？寻打么？”
“回制台话，呃——”典狱官打着酒呃说道：“方才大理府台水大人来访，说见了邸报，杨大人很快就要出去了。酒席是府台带来的。杨大人不肯吃，就赏了小的们——”朱纲咽了口唾沫，没有再说什么，径自跨进小屋。
这是一间布置得十分清雅的小房子，天棚墙壁都裱了桑皮纸，木栅小窗上糊着十分名贵的绿色的蝉翼纱。
一张木榻占了半间房，油漆得起明发亮。
榻上齐整叠着两床洗得泛白的青布被子，贴墙还放有一溜矮书架。架上的书籍已经搬空了，小木案上摆着瓦砚纸笔等物件。
杨名时的侄儿杨风儿满头热汗跪在榻上捆扎着书籍。杨名时似乎心情沉重地坐在榻下一张条凳上出神。见朱纲进来，款款起身，淡淡说道：“朱公别来无恙？”将手一让，请朱纲坐在对面。
“杨公，”朱纲见杨名时一脸坦然之色，慌乱的心情逐渐平静下来，一边坐一边微笑道，“让你吃苦了。不过瞧上去气色还好。身子骨儿似乎比先前还要结实些。”
杨名时笑道：“生于忧患，死于安乐么——我想大人今儿来，不单是说这些的吧。”
朱纲笑道：“我是来给大人道贺的。当今圣上以宽仁为政，已有廷寄，令兄弟前来释杨公出狱，即刻进京。杨公蒙冤三年，如今重见天日，飞黄有望。真令人喜不自胜！”
说着便大声吩咐外边：“去给杨老爷备轿！——往日兄弟奉命行事，多有开罪之处，黄侍郎——也太，唉……这儿不是说话处，且到衙门盘桓几日，兄弟为杨公压惊送行，一切慢慢细谈。”
杨名时沉默良久，说道：“朱公，你还是对名时知之不深。我是直率人，有甚么说甚么。办我的案子，你是存了私意的。但天下不存私意者能有几人？都计较起来还成？过去的事过去就罢。
你若真的心中不安，请听我一言，三月开春，加紧把洱海的壅塞治治。至于我，绝不愿再‘飞黄’了，进京也就为了谢恩，求皇上允我回籍常伴梅花。”
朱纲怀着一肚子鬼胎，怕杨名时到京告刁状，听杨名时的意思，只要肯疏浚洱海就可原谅，顿时喜上眉梢，说道：“兄真乃大男子真丈夫！不过兄弟已经风闻，皇上有意命兄为礼部尚书，恐怕兄难冉遂心——请，这里说话不方便，到敝衙门，我置酒备肴，我们作一夕快谈。”
杨名时却道：“朱公请谅，我素来不吃宴请，更不受馈赠。这一路进京既是奉旨，概由驿站照常规供饭即可。你安心，治好洱海，到京我还要设薄酒款待。”说着已是含笑起身。朱纲又是惭愧又是感激，还带着一丝莫名的妒忌，起身恭恭敬敬辞了出去。
没过多久，却又见一伙人找上门来，这回杨名时的面色严肃起来了，看这些人的打扮，多半是龙禁尉的人马。
“杨大人好雅致啊，为官数十载一贫如洗，却能博得两省百姓争相奔走相告，殷勤接济，我刚才还在衙门外看见上千个人围在那里写万民书，都想着宁可自己替你进来坐牢，也要让杨大人你出去呢。”
“朝中有什么话，一并说了就是，老夫一向不爱拐弯抹角。”
“爽快，在下白虎，正式云贵区的负责人之一，请务必配合我们的工作，这样说不得杨大人还能快点出狱。”
“你们想做什么？”
“杨大人真是贵人多忘事啊，忘了前几年大人上任时遇刺的事情了吗？”白虎挑了挑眉。
杨名时一阵沉默，那是一件他很不想回忆起来的事情，当时他在前往云贵赴任总督的路上遇刺，对方甚至还找了几个模样身形与他极为相似的替身冒充他，可见是蓄谋已久，当时就是白虎率人埋伏在一旁才把杨名时救下来的。
“老夫行得正坐得直，却是不晓得有谁想要老夫的命，竟还要行偷梁换柱之策。”杨名时揉了揉有些发胀的双眼，这算是他宦海沉浮一二十年中最凶险的一回了，而且至今都还查不到凶手的任何线索。
“我可以对您透露一点，对方是京城的老牌勋贵，不得势的其中一支，至于具体是哪一支，就得杨大人回京谢恩以后自行判断了。”白虎说完也不磨叽，转头就带着人走了。
杨名时却再也没有了读书的兴致，像是想通了什么关节一样，飞快拿起笔来，在桌案上的纸张上写下了一些名字，再把他们串起来，不由得倒吸一口冷气。
“如若真是这一家……那老夫确实该……小心一些了。”杨名时放下笔，凝视着那些名字，喃喃道。