光武帝前面刚给盟长、副盟长、札萨克们确定了俸禄，后面便开始加强对各盟旗的控制。
在各盟筑堡一座，设五品守备一名、在当地募骁勇剽悍的牧民，充当守备营兵，每堡设守备兵五百。
又在堡内设正五品同知一名，管整理旗籍、征收赋税、河工水利、抚绥民夷等事务；又设正七品推官一名，管刑狱诉讼，推行《大明律》。
在各盟旗屯军、设官、征粮审案的，大大削弱了各部贵族的权势、加强了中央集权，自然会引发一些贵族的不满。
朱亨嘉一边秘令归化城总兵马信部五千兵马、河套总兵李如碧部五千兵马做好战斗准备，一边率领十万大军从科尔沁返回南京。
他故意大张旗鼓地离开，让整个漠南蒙古都知道大明军队的主力走了。希望能有不开眼的贵族趁机造反，这样便可以将他们狠杀一顿，以起到杀鸡儆猴的效果。孰知这些蒙古贵族比猴都精，发牢骚者有之，骂娘者有之、可扯旗造反的，楞是一个都没有。
等朱亨嘉返回南京时，内蒙古行省已经设立四个月了，局势渐渐稳定了下来。
刚至南京，土谢图汗的使者西第什哩骑着快马从库伦城再次来到，他带来了察珲多尔济的答复，愿意去土谢图汗号、接受大明敕封的土谢图侯爵位，同时再次请求与大明联姻。
此时的朱亨嘉已经稳定了内蒙古的局势，腰杆子硬了起来。不过为了继续迷惑察珲多尔济，他假惺慢地派使臣敕封察珲多尔济为土谢图侯。
一边敕封，一边令归化城总兵马信留两千兵马守归化，率军三千移驻锡林郭勒盟，准备进入车臣部、土谢图部；河套总兵李如碧留两千兵马守阿套，率军三千移驻乌兰察布盟，准备进入三音诺颜部。朱亨嘉怕马信、李如碧兵力不足，又从归顺的漠南蒙古各部中，征召了一万四千骑兵，拨于二人指挥，在锡林郭勒盟、乌兰察布盟各屯兵一万。
同时秘密派遣使臣与札萨克图侯诺尔布联系，约他一听到明军进入漠北的消息后，立即出兵三音诺颜部，与河套总兵李如碧会师后，合兵夹击土谢图部。
兵马未动，粮草先行，又令内蒙古巡抚刘茂遐在锡林郭勒盟、乌兰察布盟修建粮仓储粮。
军事是政治的延续，这漠北蒙古与漠西蒙古关系十分密切，双方还共同制定了《喀尔喀卫拉特法典》。
此时，和硕特部内斗激烈；准噶尔部的僧格台吉，也正在与几个同父异母兄弟自相残杀，似乎都没有力量阻挡明军进军漠北，但老谋深算的光武大帝依然不敢掉以轻心。
他决定在派兵进入漠北之前，先笼络布达拉宫的阿旺罗桑嘉措上师，让他出面说服漠西蒙古各部的贵族不出兵援助土谢图部。
漠北蒙古的哲布尊丹巴呼图克图，漠南蒙古的章嘉呼图克图并称为蒙古族两大上师。他们表面上和青藏的两大上师同根同源，实际上却保持着很大的独立性，青藏的两大上师并不能过多地干预漠北、漠南的教务。
光武帝派使臣赶往布达拉宫，面见阿旺罗桑嘉措，向他郑重要求：希望他能说服漠西蒙古各部的贵族，不救援土谢图部。
阿旺罗桑嘉措立即通知和硕特、准噶尔、杜尔伯特、土尔扈特、辉特等部的贵族：今年是凶年，不可动刀兵。