军事学院的落址很快就选好了，是位于东郊的一座幽静的院落里，占地面积极大，最为难得的就是此处有一处大为宽敞的后花园，沈墨翰命人把花园里的花草全部都移走了，在中间留下一个巨大的场地，场地的四边分别放着武器架、弓箭靶、石磨等用来锻炼力量的东西，形成了一个巨大演练场。
演练场的东面是学生上课的地方，分为阵法、谋略、战略、武艺、后勤、杂学、统率七个院落，依次相对七门课程，南面就是老师住的地方，由于现在学生少，老师也少，多数的空房间都被拿来当仓库用了。
北面则是学生住的地方，当初改造的时候设计的也比较周全，有提供给高级将领培训和学习住宿的单间，提供给普通将领的双人间，还有提供给军队士兵进修用的四人间，大多数都是给普通学子提供的八人间，在房间的尽头还特别建了一座澡堂，毕竟这里是军事学院，武术是最基本的东西。
西面中间大门把整个院落分成两面，南面是管理处和礼堂，北面则是饭堂，供学院的老师和学生吃饭。
第一批的三百个学生分成了三个班，每班一百人，每天早上和下午各一节课，这阵法和统率两课就由王升来教，毕竟王升世出将门，通晓古近各中阵法和行军要素。
谋略一课则由吴用来担当。
战略本来蒋嵩是比较合适的人选，但是因为蒋嵩远赴登州，一时间又找不到合适的代理人，只好沈墨翰亲自来教。
后勤一课则由刚刚归降的陈晋来担当。
至于这武艺由于涉及太广，加之每个人的身体条件和资质又不相同，沈墨翰决定实行基础加专项的模式，也就是说每个学生都开始要学习基础武术，这其中包括基本的一些拳脚和兵器功夫，身体上的锻炼，骑术，箭术和一些武术上的理解，等学院通过考试之后，可根据自己的能力和兴趣爱好，选择一些适合自己的武术，也就是专项武术。
专项武术包括拳脚类，刀剑类和枪戬类三大部分，拳脚则由鲁智深、武松为教头；刀剑类则由杨志、逍遥无忧为教头；枪戬类则由林冲和关胜为教头。